In 1992, op 18-jarige leeftijd begon Johan Nijeboer als teamleider bij Scouting Oosterhof-Niej Begin Rijssen; in 2011 werd hij hier ook bestuurslid. In de jaren 1993-2015 was hij ook troepstaflid van de World Jamboree en was hij actief betrokken bij de grote vierjaarlijkse Jamborees, in Nederland, Engeland, Zweden en Japan. Sinds 2004 is Johan lid van het Team Herdenken en Vieren van Scouting Nederland. Hier is hij medeverantwoordelijk voor de deelname en inzet van de scouts aan de jaarlijkse Nationale Dodenherdenking op de Dam in Amsterdam.
Sinds 2004 maakt Johan Nijeboer deel uit van het Comité Herdenkingen Rijssen, mede namens Scouting Rijssen en is ook medeorganisator voor de plaatselijke Veteranendag.
Tenslotte werd Johan Nijeboer in 2011 bestuurslid en coördinator hulpverlening van het Rode Kruis afdeling Rijssen, waar hij fungeert als kaderinstructeur en als hulpverlener.
De grote inzet van Johan Nijeboer wordt bijzonder gewaardeerd en mag er nu in resulteren dat het Zijne Majesteit de Koning heeft behaagd Johan te benoemen tot Lid in de Orde van Oranje-Nassau, dit bij zijn 25-jarig jubileum bij Scouting Rijssen. Burgemeester Arco Hofland reikte hem de bijbehorende versierselen uit tijdens een speciale feestelijke bijeenkomst ter gelegenheid van Sint Jorisdag op zaterdag 15 april.